软件开发厂商根据系统的需求和设计，组织开发人员进行系统的代码编写，终用户一般很难将需求一次性完成的提出，开发过程中涉及到需求的问题需要对设计进行细节的调整。开发人员对需求的理解、编码的规范和质量等，对软件系统的质量和稳定性、安全性等方面影响非常大。
依据阶段的需求对系统进行功能测试、性能测试(对使用用户数非常多可能需要进行性能测试)、安全性检测，功能测试一般由软件开发厂商和用户同时进行。
系统测试根据项目周期和功能的多少，可以迭代的进行，如果开发的内容多可以分步提交开发成果进行测试，实现开发和测试迭代进行。
对于测试中发现的问题，一般提交开发人员进行修改，再进行回归测试(针对修改过的问题进行测试和验证)。
系统的测试是软件定制开发的一个重要环节，需要软件开发厂商和终用户的紧密配合和合理的规划时间(特别是工期非常紧的情况下)，测试是的软件系统的根本保障。
系统开发完成后部署在终用户的正式运行环境，交付给终用户使用，同时需要对相关的人员进行培训。这个环节中软件的推广和使用是，直接关系到软件的应用效果。
软件在正式运行过程中会遇到BUG(系统错误)、使用问题、功能的完善和修改等，软件厂商需提供相应的服务确保终用户系统正常稳定的运行。
从以上过程中可以看出，需求阶段、测试阶段是终用户和软件厂商配合程度高的阶段。软件定制开发的周期和复杂程度是由用户业务需求来决定的，对于业务需求比较简单的某些环节可以省略、合并。一般情况下，软件定制开发和软件产品之间联系是非常紧密的，当软件产品不能够满足客户要求时一般只能通过定制开发进行完善，而软件产品也是在众多的应用中通过定制开发积累和完善的。
软件定制开发相对于单纯的软件产品实施，选择软件供应商更加重要，供应商的软件定制开发经验、技术水平、提供的服务等直接决定软件开发的成败。
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